"...Утром 17 марта 2000 предложение о парламентском расследовании рязанского инцидента не получило квалифицированного большинства в Государственной Думе [38], а днём 31-го марта осталось в меньшинстве [39]. Усилия независимой общественной комиссии по расследованию терактов под председательством депутата Госдумы Сергея Ковалёва не привели к логическому завершению из-за невразумительных ответов правительственных органов ("В качестве редких исключений - весьма содержательные и обстоятельные ответы на все заданные вопросы, а в качестве некой усреднённой нормы - либо, простите меня за грубое слово, мычание, либо что-то бессодержательное." [40]). Два ключевых члена комиссии Ковалёва, депутаты Госдумы Сергей Юшенков и Юрий Щекочихин, умерли в апреле и июле 2003 года.[5][6] в результате несомненного (Юшенков) и предполагаемого (Щекочихин) покушений[41][42]. В ноябре 2003 подвергся жестокому нападению член комиссии Отто Лацис.[43] Через два года, 3 ноября 2005 года Лацис умер в больнице после автомобильной аварии.[44]
Юрист комиссии Михаил Трепашкин был арестован в октябре 2003 и стал одним из самых известных политических узников в России [45]. Его досрочное освобождение было опротестовано и он был возвращён в колонию. В июне 2006-го года адвокат Трепашкина Сергей Кузнецов направил заявление в Генеральную прокуратуру, о том, что руководители колонии ?13 Нижнего Тагила угрожали его подзащитному убийством, ссылаясь на высших чинов Главной военной прокуратуры и ФСБ. Адвокат сообщает, что Трепашкину принудительно вводят психотропные средства.[46][47] Согласно мнению адвокатов Трепашкина, причиной ареста стало то, что он представлял потерпевших на судебных процессах по взрывам. Ещё одной причиной ареста Трепашкин считает разоблачение махинаций с фотороботами лиц, подозреваемых в организации взрывов.[48] За день до своего ареста Трепашкин передал информацию, что лицом, снимавшим подвалы в домах под видом Гочияева, на самом деле был некто Владимир Романо́вич, замеченный в связях с ФСБ...
Согласно книге Литвиненко "ЛПГ", некоторые жильцы взорванного дома на Каширке знали о взрыве заранее. Автор получил информацию от депутата Госдумы Сергея Юшенкова об убийстве сотрудницы жилищного хозяйства после того, как она озвучила подозрение о предварительной осведомлённости о взрывах жителя взорванного дома, работника ФСБ...
29 декабря 2003-го года группа милиционеров конфисковала 4000 экземпляров книги "ФСБ взрывает Россию" на въезде в Москву.[86]
В период 1999-2006 год были убиты расследовавшие теракты Сергей Юшенков, Юрий Щекочихин, Анна Политковская, Александр Литвиненко.
По обвинению в хранении дома документов, составляющих служебную тайну, был осуждён Михаил Трепашкин, назначенный для расследования взрывов общественной комиссией, которую создали 4 члена Госдумы, Арест был произведён незадолго до того, как он намеревался сделать достоянием общественности новые обнаруженные им факты..."...